內窺鏡清洗消毒工作站對水質有著特定的要求。在通常情況下，應采用純凈水或者經過嚴格過濾處理后的水。這是由于水中若存在雜質、礦物成分等，容易在內窺鏡的表面產生水垢沉積或有物質殘留，這不僅會對內窺鏡的清洗消毒成效造成不良影響，還有可能對內窺鏡造成損害。 

 而且，水質不達標會降低消毒劑的活性，導致其無法充分發揮消毒效能，從而增加交叉感染的幾率。因此，須保證所使用的進水達到相應的水質規范要求，以此來維持工作站的穩定運作，并確保內窺鏡清洗消毒工作的質量。