一體化內鏡洗消中心對于水質有著嚴格的要求，這與內鏡自身構造特點緊密相關。內鏡構造繁雜，內部存在諸多細小腔隙，若水質不佳，水里的雜質以及微生物極易附著并留存于內鏡內外，從而影響洗消效果。

 在水質方面，通常要采用純化水，這種水有著規定的電阻率區間，目的在于減少水中電解質對內窺鏡造成腐蝕與污染。除此之外，針對水中微生物數量管控更是嚴格，須定期對水處理設備以及輸送管道進行檢測，防止細菌、病毒繁衍并形成生物膜，力求讓洗消后的內鏡契合無菌要求，切實維護患者使用時的安全。